První písemná zmínka o Bratrušovu pochází z roku 1371 a jedná se o závěť moravského markraběte Jana Jindřicha (bratra Karla IV.), který odkázal svému synu Prokopovi několik vsí, mezi nimi i Bratrušov.
České pojmenování i německý název Brattersdorf jsou odvozeny od českého osobního jména Bratruš a znamená tedy „Bratrušovu ves“. Tento výklad ukazuje, že vesnici zřejmě založili Slované patrně ještě před velkou kolonizací, kterou v českých zemích prováděli němečtí osídlenci zejména v průběhu 13. a 14. století. Bratrušov je svým protáhlým tvarem podél komunikace, rozdělením půdy na lány, jež se táhly za příbytky, ovšem typickou německou kolonizační vesnicí.
V roce 1603 byl postaven pozdně renesanční kostel Všech Svatých, který měl sloužit nekatolickým bohoslužbám, ale v roce 1784 při něm byla zřízena katolická fara. Tehdy patrně začalo v soukromých domech školní vyučování a kolem roku 1800 byla postavena školní budova. Do roku 1834 obec vzrůstala a bylo zde již 140 popisných čísel a 809 obyvatel. Bratrušov byl podhorskou zemědělskou obcí, jediným výrobním zařízením byl tehdy vodní mlýn, a její obyvatelé často nacházeli uplatnění v průmyslových podnicích blízkého Šumperka. Počet obyvatel Bratrušova byl od poloviny 19. století do druhé světové války konstantní a kulminoval v roce 1900, kdy zde žilo ve 149 domech 1016 obyvatel, z nichž se až na dvě výjimky všichni hlásili k německé národnosti. Česká menšina se zde postupně vytvořila až po roce 1918 a v roce 1930 bylo z 980 obyvatel 88 Čechů. Nelze se proto divit, že ve volbách v roce 1935 i v Bratrušově zvítězila Henleinova Sudetoněmecká strana. V letech 1945 až 1948 čekalo na německé obyvatelstvo vystěhování a obec byla nově osídlena. V roce 1960 byla k Bratrušovu připojena osada Osikov, obě obce však byly v letech 1980 až 1990 připojeny k Šumperku. Změna nastala až v roce 1990 kdy se Bratrušov stal opět samostatnou obcí.