Obec Bednárec leží na jihozápadním okraji Českomoravské vrchoviny v okrese Jindřichův Hradec, 10 km severovýchodně od Jindřichova Hradce.
Obec se rozkládá na severozápadním svahu nad údolím říčky Žirovničky v nadmořské výšce 530 m.n.m. Nejvyšší bod na území obce je vrch "Myslivna" 592 m.n.m., nejníže položené je údolí Žirovničky 475 m.n.m. Katastrální území obce má rozlohu 781 hektarů.
Na území obce Bednárec se nachází několik zajímavých míst, např. kaple Panny Marie na návsi, kaplička zasvěcená sv. Anně při silnici ke Kamennému Malíkovu, křížový kámen "Na drahách" a další drobné sakrální památky. Na břehu meandrů říčky Žirovničky je přírodní rezervace "Lipina". Zvláštností je vedení železniční tratě přímo přes náves obce na několikametrovém náspu. Z horní části obce, zvané "Kopec", je krásný rozhled na blízké i vzdálenější okolí: Jindřichohradecko, Kamenicko, ale i Novohradské hory a Šumavu. Při mimořádně dobré viditelnosti je možné zahlédnout i Alpy.
Na východ od obce se v Černém lese nachází kaskáda čtyř krásných rybníků (Jílků malý, Šedivů, Obecní velký a Obecní malý), pod touto kaskádou dále na hranici katastrálního území obce leží rybník Holub.